وقد منح كل ذلك فرصة لسماحة المرجع السيد الحكيم ( دام ظله ) لمزيد من النشاط العلمي والتربوي والاجتماعي داخل السجن . 1 - النشاط العلمي والثقافي : تنوع نشاط سماحته بين تدريس فضلاء السادة خاصة انّ العديد من المعتقلين من السادة آل الحكيم كانوا طلّاب درسه - البحث الخارج - قبل الاعتقال فابتدأ سماحته درسين على مستوى البحث الخارج أحدهما في الفقه والآخر في علم الأصول . كما اهتم سماحته بإحياء المناسبات الدينية بإلقاء المحاضرات الثقافية العامة التي كان لها تأثير كبير في تلك الظروف القاسية ، وكذلك تصديه للإجابة على المسائل العلمية المتنوعة . وكان من ضمن النشاط العلمي تأليف عدد من الكتب المتنوعة نذكر منها : 1 - دورة في تهذيب علم الأصول ، حيث أكملها بعد الاعتقال وطبعت بعنوان « الكافي في الأصول » . 2 - كتاب الخمس ، وهو كتاب فقهي استدلالي ، يتضمن جانباً من البحوث الفقهية التي درّسها في السجن .